Томский НИМЦ проводит обучение в аспирантуре по следующим научным специальностям:
1.5.7. Генетика
3.1.1. Рентгенэндоваскулярная хирургия
3.1.6. Онкология, лучевая терапия
3.1.12. Анестезиология и реаниматология
3.1.15. Сердечно-сосудистая хирургия
3.1.17. Психиатрия и наркология
3.1.20. Кардиология
3.1.25. Лучевая диагностика
3.3.3. Патологическая физиология
3.3.6. Фармакология, клиническая фармакология